离婚后恢复单身的纱和（上户彩饰）在海滨小镇的餐馆打工度日。一个偶然的机会，纱和与北野（斋藤工 饰）再次相遇，约定了不再见面的两人，在四目相对的那一瞬间感情被重新点燃。然而这段禁忌之恋很快被北野的妻子（伊藤步 饰）发现，并与二人产生了激烈的冲突。与此同时，餐厅老板杉崎（平山浩行 饰）的出现，也让四个人的情感走向更加扑朔迷离，一边是复燃的旧情，一边是“永不再相见”的约定，几个主人公的命运再次纠缠在一起。

小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”该动画继续讲述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！

2022年，天才编程者茅场晶彦所开发的世界最早的完全潜行专用装备设备《NERvGear》。 这个革命性的机器给VR（假想现实）世界带来了无限的可能性。那之后经过了4年。。。。。 《NERvGear》的后继品VR机为了对抗《AmuSphere》（第二代民用完全潜行机），发售了一个次世代的可穿戴设备《Augma》 替换了完全潜行机能，是一个对AR（增强现实）功能进行了最大限度扩大的最先进机种。 由于《Augma》在觉醒状态下也可以安全和便利地使用，因此一瞬间便在玩家当中传开了。 这个杀手级内容，被叫做《Ordinal Scale序列之争（OS）》，是《Augma》专用的ARMMO RPG。 亚斯娜和伙伴们会玩的这个游戏，桐人也准备参战了。。。。

夏天来了，经不住大雄（大原惠美 配音）的百般纠缠，哆啦A梦（水田山葵 配音）第一次同意带着小伙伴们来到南极，并建造了专属的南极乐园。 没想到这场消夏之旅，被偶然发现的金环打断，快乐的旅程就此中止，他们来到十万年前的南极。这一次，哆啦A梦面临生死考验，地球也面临全面冻结的危险。没有了哆啦A梦，小伙伴们只能团结一心，才能拯救地球！